Атомная структура оболочки коронавируса SARS-CoV-2

Ученые в США готовят трехмерную модель частицы коронавируса: ее составляют при помощи вычислений на суперкомпьютере Frontera Университета Техаса в Остине.

Вирус SARS-CoV-2, который вызывает заболевание COVID-19

Атомная структура оболочки вируса для первой модели была просчитана 12-13 марта при помощи 250 000 процессорных ядер Frontera: на это ушли значительные ресурсы компьютера, так как необходимо рассчитать взаимодействие каждого атома друг с другом.

Расчеты показывают, что внешняя структура SARS-CoV-2 состоит примерно из 200 млн атомов. Моделирование такого масштаба возможно только на машине типа Frontera или на суперкомпьютере вроде того, что в Министерстве энергетики США.

Анимация: Rommie Amaro, UC San Diego

Анимация: Rommie Amaro, UC San Diego

Эти модели помогут ученым понять, какие части оболочки коронавируса играют ключевую роль в процессе заражения человеческой клетки:

«Если мы раскроем такие секреты SARS-CoV-2, у исследователей будет больше шансов создать лекарство от COVID-19 и выяснить, какие из существующих лекарств могут помочь».

Белки-шипы вируса, которые «вскрывают» клетку-жертву через рецепторы ACE2 и CD147 на ее мембране, составляют небольшую часть его оболочки.

Теперь в центре намерены составить полное трехмерное изображение внешнего компонента вируса. Оно даст представление о том, как SARS-CoV-2 заражает организм на молекулярно-атомарном уровне.